CANCER_XENOGRAFT_GENOME_ANALYSIS_PIPING

Pipeline Schematic Diagram

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Pipeline Information

Pipeline Description
기본적으로는 일반적인 CanerGenome pipeline과 유사한 구조를 띠고 있으나, Xenograft genome을 분석하기 위해 mapping 과정에서 약간의 공정이 추가되어 있다. Tumor human, Normal Human, Tumor xenograft 에 해당하는 raw data를 인간 유전체 기준으로 분석하기 위해서 Xenograft genome은 human reference와 model 동물의 reference 둘 다에 mapping 한 다음 model genome에 해당하는 Reads를 filtering하는 과정이 존재한다. filtering 된 data는 나머지 2개의 data와 함께 GATK_HaplotypeCaller와 SnpEff_ SnpSift를 통해 variant calling과 annotation이 이루어진다.