COLLECTIVE_GENOME_BETWEEN_GROUPS_PI_CALCULATION_PIPING

파이프라인 모식도

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파이프라인 정보

파이프라인 설명
VCFtools를 이용하여 각 WG 그룹의 Nucleotide diversity(Pi) 계산 및 시각화하는 라인은 총 7단계에 걸쳐서 진행되며, 우선 Pipe의 Output 디렉토리를 생성한 후, 첫 째로 그 그룹별 VCF 파일을 이용하여 계산하고자 하는 Window size와 step에 맞게 각각 Pi 값을 계산하고, 둘째로 그룹별로 계산된 Pi 값의 기본적인 통계량을 산출한 후, 셋째, 각 그룹별로 계산되 Pi 값들을 통합적으로 시각화 하기 위해 Pi 값들의 이상여부를 체그 한 후, 넷 째, 각 그룹별로 계사된 Pi 값을 시각화하기 위한 파일로 변환 하고, 다섯 째, 이 각 그룹별로 변환된 파일을 시각화하기 위한 최종 input인 하나의 파일로 병합한다. 그리고 마지막으로 최종 input을 이용하여 각 그룹에 대한 Pi 값을 시각화 한다.