COLLECTIVE_GENOME_BETWEEN_GROUPS_FST_CALCULATION_PIPING

파이프라인 모식도

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파이프라인 정보

파이프라인 설명
VCFtools software를 이용하여 두 WG 그룹간 Fst 계산 및 시각화하는 Pipe 라인은 총 5단계에 걸쳐서 진행되며, 우선 Pipe의 Output 디렉토리를 생성한 후, 첫 째로 전체 VCF 파일을 이용하여, 계산하고자 하는 각 그룹의 VCF에 있는 sample 리스트들을 각각 Input으로 주고, 원하는 Window size와 step으로 두 그룹간의 Fst 값을 계산한다. 둘째, 두 그룹간의 계산된 Fst의 값의 기본적인 통계량을 산출 한 후, Fst값을 Normalization 하고 P-value를 산출 한다. 셋째, 산출된 Normlized 된 두 그룹간의 Fst 값을 시각화하기 위한 최종 input 파일로 변환한다. 그리고 마지막으로 최종 input을 이용하여 두 그룹에 대한 Normlaized 된 Fst 값의 Manhattan plot을 생성 한다.